Spécialisée dans la recherche pharmaceutique, la biotech lyonnaise Meddenovo s’est dotée d’une infrastructure de calcul dédiée. Résultat : le temps de certains calculs est passé de deux semaines à une.
Meddenovo Drug Design développe des programmes de recherche pharmaceutique fondés sur l’intelligence artificielle, la modélisation moléculaire et le calcul haute performance. Sa plateforme Mova combine des méthodes classiques de modélisation à l’échelle atomique avec une couche d’IA. L’objectif : explorer davantage de molécules et accélérer l’identification de solutions potentielles pour différentes maladies.
Une infrastructure GPU adaptée aux besoins de la recherche
« Une entreprise de biotech standard travaille généralement sur un ou deux programmes de développement de médicaments à la fois, explique Antoine Marion, cofondateur et CTO de Meddenovo Drug Design. Grâce à nos algorithmes, nous pouvons facilement en faire avancer une vingtaine simultanément ». Cette approche nécessite toutefois une puissance de calcul importante. Les modèles doivent être exécutés, testés, ajustés et comparés, avec un impact direct sur la durée des cycles de recherche.
« Nous devions conserver le contrôle de nos données et de la configuration de notre infrastructure »
Antoine Marion, cofondateur et CTO de Meddenovo Drug Design
Meddenovo utilisait jusqu’ici des ressources nationales de calcul. Une solution toujours jugée intéressante par la biotech, mais qui ne lui permettait pas de maîtriser entièrement la disponibilité et la configuration des équipements. L’entreprise souhaitait donc disposer de ressources dédiées, configurées selon ses besoins scientifiques, tout en conservant le contrôle de ses données. « Il est rapidement devenu clair que nous devions conserver le contrôle de nos données et de la configuration de notre infrastructure », précise Antoine Marion. La biotech ne souhaitait cependant pas mobiliser ses équipes scientifiques sur l’exploitation quotidienne de cette plateforme.
Des temps de calcul réduits de moitié
« Meddenovo avait exprimé le besoin de gagner du temps sur ses calculs. Nous avons donc décidé de fournir des plateformes basées sur des serveurs Dell intégrant des GPU Nvidia », indique Nicolas Denis, directeur commercial Centre-Est chez Heliaq. L’ESN prend également en charge la supervision et le maintien en condition opérationnelle de l’architecture. Meddenovo conserve ainsi la maîtrise de son environnement sans détourner ses équipes de leurs travaux de recherche.
L’intégrateur Heliaq a accompagné Meddenovo dans la conception, l’intégration et l’exploitation d’une infrastructure IA/HPC comprenant :
→ Deux serveurs Dell PowerEdge XE7745.
→ Un serveur Dell PowerEdge R760xa.
→ Des GPU Nvidia dimensionnés pour les charges de calcul intensives.
La disponibilité des cartes graphiques en interne permet désormais à Meddenovo d’adapter leur configuration à ses algorithmes. Selon la biotech, certains calculs qui demandaient auparavant deux semaines peuvent être réalisés en une semaine. « Le fait de disposer de ces cartes graphiques en interne et de pouvoir les configurer comme nous le souhaitons nous permet d’optimiser l’exécution de nos algorithmes », conclut Antoine Marion.
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